დაგვიკავშირდით
თუ გაქვთ კითხვები, გთხოვთ:
გენეტიკური კვლევა ონკოლოგიაში
ტარგეტული თერაპიის, იმუნოთერაპიის შერჩევისთვის და საეჭვო მემკვიდრეობითი კიბოს სინდრომების არსებობისას
ონკოლოგიაში მოლეკულურ გენეტიკური მეთოდები, ძირითადად, გამოიყენება დიაგნოზის დასასმელად, დაავადების მიმდინარეობის პროგნოზირებისა და ყველაზე ეფექტური თერაპიის შესარჩევად (მათ შორის, კიბოს ტარგეტული თერაპიისათვის).
ონკოლოგიაში კვლევის მოლეკულური მეთოდების მოკლე შედარება
←
→
შემდეგი თაობის სექვენირება (NGS)
არის თანამედროვე და პერსპექტიული მეთოდი, რომელიც საშუალებას იძლევა, შეასრულოს სრული გენომის, სრული ეგზომისა და ტარგეტული სექვენირება. დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის პარალელური სექვენირება უზრუნველყოფს მაღალ ინფორმატიულობას, დროის შედარებით მოკლე პერიოდში. NGS-ს შეუძლია, ერთდროულად გამოავლინოს ისეთი გენეტიკური დარღვევების არსებობა დნმ-ისა და რნმ-ის მოლეკულებში, როგორებიცაა: ცხელ წერტილოვანი მუტაციები (პოპულაციაში გაზრდილი სიხშირის მუტაციები), ერთნუკლეოტიდური ვარიანტები (SNV), ასლის რიცხვის ვარიაციები (CNV), მცირე ზომის ინსერციები, დელეციები და გენების შერწყმა.
კიბოს ლაბორატორიულ დიაგნოსტიკის პრაქტიკაში გამოყენებული NGS-ის მაგალითია Oncomine Focus Assay.
ონკოფოკუსი არის შემდეგი თაობის სექვენირებაზე (NGS) დაფუძნებული, მულტიბიომარკერული ანალიზი, რომელიც ემყარება Ion Torrent პლატფორმას და ავლენს ცვლილებებს კიბოს განვითარებასთან დაკავშირებულ 52 განსხვავებულ გენში.
ონკოფოკუსის მეშვეობით ხდება 1000 განსხვავებული მუტაციის გამოვლენა
მეთოდის უპირატესობები
- უნივერსალური მეთოდი, რომელსაც შეუძლია მუტაციების ფართო სპექტრის აღმოჩენა
- საშუალებას გაძლევთ ჩაატაროთ დიაგნოსტიკა წინასწარი ჰიპოთეზის გარეშე
- მრავალი საკვლევი გენის ანალიზი შეიძლება ერთდროულად
- საჭიროა მხოლოდ 10 ნგ დნმ ან რნმ
- ერთ-ერთი ყველაზე მგრძნობიარე მეთოდი
მეთოდის ნაკლოვანებები
- მაღალი ღირებულება
- მეთოდი გამოიყენება მხოლოდ სოლიდური სიმსივნეების დიაგნოსტიკისთვის
Oncomine Focus Assay-ის მეშვეობით ხდება 1000-მდე განსხვავებული მუტაციის გამოვლენა
FISH — fluorescent in situ hybridization
FISH (ფლუორესცენტური in situ ჰიბრიდიზაცია) – საშუალებას გვაძლევს, განვსაზღვროთ ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობების ზუსტი ლოკაცია დნმ-ში ან რნმ-ში. ვიზუალიზაცია ხდება კომპლემენტარული ფლუორესცენტური დნმ-ის ზონდების გამოყენებით. FISH აღმოაჩენს ქრომოსომულ გადაწყობებს (დელეციები, დუპლიკაციები, ტრანსლოკაციები, ინვერსიები). ონკოლოგიაში ყველაზე ხშირად გამოიყენება დიაგნოზის დასაზუსტებლად და სიმსივნის სტატუსის მიხედვით თერაპიის შესარჩევად.
მეთოდის უპირატესობები
- კვლევის შედეგი მცირე დროში
მეთოდის ნაკლოვანებები
- მიზანშეწონილია, გამოიყენებოდეს კონკრეტული ქრომოსომის მუტაციაზე ეჭვის არსებობის შემთხვევაში (არ შეიძლება გამოვიყენოთ, როგორც სკრინინგ ტესტი)
- მოითხოვს სიმსივნის მოლეკულური პროფილის სხვა მეთოდებით დადასტურებას
- შეუძლებელია ინტრაქრომოსომული აბერაციების, ანუ აბერაციის უმეტესი ტიპების დადგენა.
- შესაძლებელია ცრუ დადებითი შედეგი (1-5%).
- მაღალი ღირებულება
ავლენს მხოლოდ ქრომოსომულ აბერაციებს: დელეცია, დუპლიკაცია, ტრანსლოკაცია, ინვერსია
arrayCGH – შედარებითი გენომური ჰიბრიდიზაცია მიკროჩიპების გამოყენებით
შედარებითი გენომური ჰიბრიდიზაცია მიკროჩიპების გამოყენებით (arrayCGH) წარმოადგენს მეთოდს, რომელიც ავლენს დაუბალანსებელ ქრომოსომულ გადაწყობებს (დელეცია და დუპლიკაცია) მთლიან გენომში. ანალიზის დროს ხდება სატესტო და საკონტროლო დნმ-ის სხვადასხვა ფლუორესცენტური საღებავით მონიშვნა, შერევა და მიკროჩიპებზე ჰიბრიდიზაცია დნმ-ის ზონდებით, შემდეგ კი, ფლუორესცენციის ინტენსივობის რაოდენობრივი შედარება.
მეთოდის უპირატესობები
- საშუალებას იძლევა, პათოგენური ვარიანტების არსებობა ერთდროულად გაანალიზდეს მთლიან გენომში.
მეთოდის ნაკლოვანებები
- ავლენს მხოლოდ ცვლილების არსებობას და საჭიროებს დამატებით მეთოდებს დაზუსტებისთვის
- ვერ უზრუნველყოფს დაბალანსებული ქრომოსომული გადაწყობებისა და წერტილოვანი ნუკლეოტიდური მუტაციების (ჩანაცვლებები, დელეციები, ინსერციები) აღმოჩენას.
- დამოკიდებულია საკვლევი დნმ-ის კონცენტრაციაზე
- მაღალი ღირებულება
პჯრ – პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (პჯრ) არის მარტივი და ეფექტიანი ლაბორატორიული სადიაგნოსტიკო მეთოდი, რომლის საშუალებითაც შესაძლებელია კონკრეტული დნმ-ის ან რნმ-ის ფრაგმენტების მრავალი ასლის მიღება შერჩეული ფრაგმენტის ხარისხობრივი ან რაოდენობრივი შეფასებისთვის. ონკოლოგიაში მისი გამოყენება შესაძლებელია ერთნუკლეოტიდური გენეტიკური ვარიანტების (ალელ-სპეციფიკური პჯრ) ან მიკრო რნმ-ის გამოსავლენად. თუმცა, უფრო ხშირად, პჯრ ისეთი დახვეწილი დიაგნოსტიკური მეთოდების ნაწილია, როგორიცაა მაგ. სექვენირება. გარდა ამისა, პჯრ ფართოდ გამოიყენება პოტენციურად კანცეროგენული პათოგენების არსებობის გამოსავლენად (HPV ტიპები 16 და 18, EBV ინფექციები, HBV და HCV, რეტროვირუსები და ა.შ.).
მეთოდის უპირატესობები
- შედარებით დაბალი ღირებულება
- ხელმისაწვდომი
- შესაძლებელია პოტენციურად კანცეროგენული ვირუსული და ბაქტერიული დნმ/რნმ აგენტების გამოვლენა
- შესალებელია დნმ-ის ან რნმ-ის შემცველი ნებისმიერი ბიოლოგიური მასალის გამოყენება
მეთოდის ნაკლოვანებები
- შესაძლოა, მიღებულ იქნას ცრუ დადებითი შედეგები
- დიაგნოსტიკურ ლაბორატორიებში ანალიზი, ჩვეულებრივ, შემოიფარგლება მოცემულ პოპულაციაში ყველაზე გავრცელებული მუტაციების ძიებით.
- საუკეთესო შედეგისთვის უნდა იყოს კომბინირებული სხვა მეთოდებთან
აღმოაჩენს პოტენციურად კანცეროგენულ პათოგენებს: HPV ტიპები 16 და 18, EBV ინფექცია, HBV და HCV, რეტროვირუსები და ა.შ.
აღწერილი მეთოდების ზოგიერთი მახასიათებლის მოკლე შედარება
NGS
FISH
aCGH
PCR
მემკვიდრეობითი სიმსივნის სინდრომის დიაგნოზი
დიახ
არა
დიახ
დიახ
სიმსივნის ტიპები
სოლიდური
სოლიდური და ჰემატოლოგიური
სოლიდური და ჰემატოლოგიური
სოლიდური და ჰემატოლოგიური
გამოყენებული ბიოლოგიური მასალა
ქსოვილები
სისხლი, ქსოვილები, შარდის უჯრედული ნალექი
ქსოვილები, სისხლი
ნებისმიერი ტიპი
შეზღუდვები
ჰემატოლოგიური ტიპის სიმსივნის კვლევისთვის არ არის შესაფერისი
კვლევის ერთი მიდგომით შესწავლილი მუტაციების რაოდენობა შეზღუდულია
შეუძლია მხოლოდ დიდი სტრუქტურული ვარიაციების იდენთიფიცირება გენომში
მაღალი მოთხოვნები ნიმუშის რაოდენობასა და ხარისხზე
სიმსივნური უჯრედების შემცველობა უნდა აღემატებოდეს 50%-ს
ერთი კვლევა განსაზღვრავს კონკრეტულ გენში სპეციფიკური მუტაციების შეზღუდულ რაოდენობას.